資本金の額又は出資の金額が1,000万円以上である法人については、免税事業者とはならず、課税事業者となります。（消費税法 第12条の2）
いわゆる1,000万円基準と呼ばれているものです。
合同会社の場合、出資の額にかかわらず、資本金を自由に設定できます。
例えば、合同会社では、出資をする際に、資本金10万円、資本剰余金10億円なんてこともできます。
株式会社では、最低出資の半分は資本金とすることになっているので、株式会社ではそのようなことはできません。
さて、上記の場合、資本金が10万円なので、資本剰余金が10億円だったとしても、当該合同会社は、免税事業者となることができるでしょうか。
資本剰余金10億円は、「出資の金額」に含まれるのかが問題となります。
一応、通達では出資の金額の範囲として、「営利法人である合名会社、合資会社又は合同会社に係る出資の金額に限らず、農業協同組合及び漁業協同組合等の協同組合に係る出資の金額、特別の法律により設立された法人で出資を受け入れることとしている当該法人に係る出資の金額」と記載されています。（消費税法基本通達1－5－15の2）
この通達では、協同組合等の出資についても、1,000万円基準の範囲に含まれるということになりますが、合同会社の出資の範囲について明確に記載されているわけではありません。
他に条文や通達を見つけられなかったので、合同会社が資本金10万円、資本剰余金10億円で設立した場合、当該合同会社は、資本金10万円となり、免税事業者で判定してよいのかということを某税務署に照会してみたところ、某税務署は、あくまで資本金を基準として判定するとのことで、合同会社の資本剰余金が10億円でも、免税事業者になれるという見解でした。
回答をくれた税務職員も、「条文や通達にはっきりと記載されているわけではないですが。。。」と断っていましたが。
消費税法 第12条の2でいう「出資の金額」とは、資本金がない組織体のことを言うのかなと勝手に解釈しておりますが、はっきりとしたことはわからないです。
解釈の問題らしいので、そんな案件がある場合には、税務署に問い合わせた方がよさそうではあります。